Seminggu sebelum pendaftaran mahasiswa baru angkatan 47..

seminggu sebelum  mulai Praktik Lapang di Depok..

Hmm…ternyata kuliah itu hampa kalau nggak ada laporan praktikum, nggak ada deadline (setidaknya itu yang dikeluhkan teman-teman Biologi 44, hehe)

Ng-edit lagi dan lagi proposal PLnya, tapi samapai sekarang belum ketemu juul yang pas. takutnya terkesan seperti penelitian trus suruh ngulang PL,,hii…serem!!!

sudah tak sabar menjalani PL, tiap hari ketemu ikan-ikan lucu, ketemu pak Chum, ketemu maggot, artemia, dan bla..bla..bla..yang baru aku kenal istilahnya.

wish me luck,

Tujuan

Praktikum ini bertujuan mengidentifasi patogen yang menyerang daging kambing setelah direndam pada Escherichia coli.

Prosedur Percobaan

Semua daging yang digunakan pada praktikum kali ini adalah daging yang telah membusuk. Isolasi patogen dimulai dengan mengambil 50 mg daging kambing yang telah direndam pada E.coli kemudian dicincang. Daging tersebut digerus dengan penambahan N2 cair sampai berbentuk seperti tepung. Gerusan daging ditambah dengan 350 µl buffer lysis (Proteinase K) kemudian diinkubasi pada 550C selama 15 menit dan dibolak-balik setiap 5 menit. Setelah itu, daging diinkubasi di es selama 10 menit kemudian ditambah dengan 150 µl NaCl 6 N selanjutnya dibolak-balik sebanyak 6-8 kali. Daging diinkubasi kembali di es selama 5 menit kemudian disentrifugasi 10000 rpm selama 10 menit. Setelah terbentuk pelet dan supernatan, diambil ± 500 µl dari supernatan tersebut kemudian ditambah dengan ± 4 µl RNAse. Pelet daging diinkubasi pada 370C selama 15 menit. Ditambahkan isopropanol dingin sebanyak 350 µl pada pelet daging tersebut selanjutnya dibolak-balik sebanyak 6-8 kali. Campuran tersebut kemudian disentrifugasi kembali pada 10000 rpm selama 20 menit. Pelet dari hasil sentrifugasi tersebut diambil dan ditambahkan dengan 500 µl EtOH 70%. Campuran tersebut kembali disentrifugasi pada 10000 rpm selama 5 menit lalu dikeringkan. Pada pelet ditambahkan 20 µl ddH2O. Langkah selanjutnya adalah melakukan elektroforesis dan PCR.

PCR 16s RNA memakai komposisi sebagai berikut: template 0.5 µl, dNTP 2 mM 1 µl, DMSO 0.4 µl, Taq polymerase 0.2 µl, Buffer 1 µl    , Primer 63 F 0.3 µl, Primer 1387 R      0.3 µl, dan ddH2O 6.3 µl. Master mix yang digunakan pada PCR adalah     ddH2O 63.8 µl, dNTP 11 µl, buffer 11 µl, DMSO 4.4 µl, Prime F 3.3 µl, Primer R 3.3 µl, serta Taq polylmerase 2.2 µl. Langkah-langkah untuk PCR meliputi predenaturasi dilakukan pada suhu 950C selama 5 menit dan denaturasi pada suhu yang sama selama 1 menit. Denaturasi dilakukan untuk memecah utas ganda DNA menjadi utas tunggal. Annealing, yaitu penempelan primer pada DNA dilakukan pada suhu 630C selama 1 menit. Extension atau pemanjangan nukleotida dilakukan pada suhu 720C selama 1 menit dan 5 menit. Keseluruhan dari proses elektroforesis ini dilakukan sebanyak 32 siklus.

Hasil Pengamatan

(a)                                                                     (b)

Hasil elektroforesis (a) dan PCR (b) pada isolasi patogen yang menyerang daging kambing yang telah direndam dengan E.coli.

Pembahasan

Daging dikategorikan sebagai bahan pangan yang mudah rusak (perishable food) dan berpotensi mengandung bahaya. Pangan asal hewan memiliki faktor-faktor yang mendukung pertumbuhan mikroorganisme, karena kandungan gizi yang baik, terutama kandungan protein yang relatif tinggi, memiliki pH yang mendekati netral dan memiliki aktifitas air di atas 0,85 ( Lukman 2004b). Oleh karena itu, daging mudah sekali terkena serangan pathogen.

Patogen diisolasi untuk mendeteksi keberadaan patogen yang menyerang daging kambing yang telah busuk. Daging kambing yang digunakan telah direndam terlebih dahulu dalam bakteri E.coli yang merupakan patogen paling umum dijumpai pada daging. Selain E.coli, patogen yang biasa terdapat pada daging adalah Bacillus cereus, Clostridium botulinum, Staphilococcus aureus, Clostridium perfringens, Toxoplasma gondii, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Listeria monocytogenes, Escherichia coli patogenik, Shigella sp,Campylobacter sp, Yersenia enterocolistica, Vibrio cholerae, Brucella sp, Streptococcal sp, dan Q fever ( Ray 2001). Jenis mikroorganisme yang sering diisolasi dari daging diantaranya: Acinetobacter, Moraxella, Pseudomonas, Aeromonas, Alcaligenes, Micrococcus ( Lukman 2004a).

Di antara berbagai teknik yang digunakan, RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryot terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5S rRNA memiliki urutan basa terlalu pendek, sehingga tidak ideal dari segi analisis statistika, sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan tersier yang cukup panjang sehingga menyulitkan analisis. Untuk mengidentifikasi keberadaan prokaryot patogen saat PCR dipakai 16s RNA. Jika yang ingin diisolasi adalah eukaryot, maka penanda yang digunakan adalah 18s RNA. Molekul 16S rRNAmemiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif (Stackebrandt & Goebel 1995).

Hasil elektroforesis menunjukkan bahwa patogen yang menginfeksi daging kambing telah berhasil diisolasi. Hal ini diperlihatkan pada gambar (a). Pita-pita DNA terlihat jelas meskipun tidak pada semua kelompok. Elektroforesis dari kelompok 3 sendiri belum terlalu berhasil karena pita DNA terlalu tipis sehingga tidak sejelas hasil kelompok 5 sampai 10. PCR yang dilakukan oleh semua kelompok Bio 4 gagal dilakukan karena kesalahan dalam pembuatan master mix. Kemungkinan kesalahan master mix terletak pada penambahan volume enzim Taq polymerase. Volume Taq yang dipakai pada praktikum ini hanya 0.2 µl sehingga mungkin saat diteteskan praktikan tidak bisa memastikan apakah enzim telah bercampur dalam tube atau belum.

Simpulan

Patogen yang menyerang daging kambing setelah direndam pada E.coli telah berhasil diisolasi tapa elektroforesis. Pita-pita DNA hasil elektroforesis kelompok 3 tidak terlalu jelas terlihat karena ukuran DNA tipis. Identifikasi jenis patogen tersebut belum dapat dilakukan karena PCR gagal. Kegagalan disebabkan oleh kesalahan dalam pembuatan master mix, yaitu praktikan tidak bisa memastikan apakah volume Taq polymerase yang ditambahkan telah benar-benar bercampur atau belum. Pada PCR, 16s RNA digunakan sebagai penanda keberadaan prokaryot patogen karena hanya prokaryot yang memiliki RNA jenis ini.

Daftar Pustaka

Lukman DW. 2004a. Mikrobiologi Daging dan Unggas (Tidak untuk publikasi), Program Studi Kesehatan Masyarakat Veteriner, Sekolah Pasca Sarjana Institut Pertanian Bogor.

Lukman DW. 2004b. Meat Hygine (Tidak untuk publikasi), Bahan Kuliah Sekolah Pasca Sarjana Institut Pertanian Bogor.

Ray B. 2001. Fundamental Food Microbiologi. New York: CRC Press.

Stackebrandt, E. and B.M.Goebel. 1995. A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. International Jurnal of Systematic Bacteriology 44: 846-849.

Terumbu karang adalah struktur di dasar laut berupa deposit kalsium karbonat di laut yang dihasilkan terutama oleh hew an karang. Karang adalah hew an tak bertulang belakang yang termasuk dalam Filum Coelenterata (hew an berrongga) atau Cnidaria. Yang disebut sebagai karang (coral) mencakup karang dari Ordo scleractinia dan Sub kelas Octocorallia (kelas Anthozoa) maupun kelas Hydrozoa. Lebih lanjut dalam makalah ini pembahasan lebih menekankan pada karang sejati (Scleractinia).

Satu individu karang atau disebut polip karang memiliki ukuran yang bervariasi mulai dari yang sangat kecil 1 mm hingga yang sangat besar yaitu lebih dari 50 cm. Namun yang pada umumnya polip karang berukuran kecil. Polip dengan ukuran besar dijumpai pada karang yang soliter.

ANATOMI  KARANG

Karang atau disebut polip memiliki bagian-bagian tubuh terdiri dari

1.  mulut dikelilingi oleh tentakel yang berfungsi untuk menangkap mangsa dari perairan serta sebagai alat pertahanan diri.

2.  rongga tubuh (coelenteron) yang juga merupakan saluran pencernaan (gastrovascular)

3.  dua lapisan tubuh yaitu ektodermis dan endodermis yang lebih umum disebut gastrodermis karena berbatasan dengan saluran pencernaan. Di antara kedua lapisan terdapat jaringan pengikat tipis yang disebut mesoglea. Jaringan ini terdiri dari sel-sel, serta kolagen, dan mukopolisakarida. Pada sebagian besar karang, epidermis akan menghasilkan material guna membentuk rangka luar karang. Material tersebut berupa kalsium karbonat (kapur).

Gambar 1. Anatomi polip karang

Bertempat di gastrodermis, hidup zooxanthellae yaitu alga uniseluler dari kelompok Dinoflagelata, dengan w arna coklat atau coklat kekuning-kuningan.

Mengapa zooxanthellae ada dalam tubuh karang, kemudian apa perannya serta bentuk hubungan seperti apa yang ada antara karang dan zoox akan dibahas lebih lanjut pada bagian Asosiasi Zooxanthellae dengan karang.

Gambar 2. Lapisan tubuh karang dengan sel penyengat dan zooxanthellae di dalamnya.  Tampak sel penyengat dalam kondisi tidak aktif dengan yang sedang aktif

Karang dapat menarik dan menjulurkan tentakelnya. Tentakel tersebut aktif  dijulurkan pada malam hari, saat karang mencari mangsa, sementara di siang hari tentekel ditarik masuk ke dalam rangka. Bagaimana karang dapat menangkap mangsanya?

Di ektodermis tentakel terdapat sel penyengatnya (knidoblas) , yang merupakan ciri khas semua hew an Cnidaria. Knidoblas dilengkapi alat penyengat (nematosita) beserta racun di dalamnya. Sel penyengat bila sedang tidak digunakan akan berada dalam kondisi tidak aktif , dan alat sengat berada di dalam sel. Bila ada zooplankton atau hew an lain yang akan ditangkap, maka alat penyengat dan racun akan dikeluarkan.

Kanker merupakan penyakit yang akhir-akhir ini banyak diderita oleh manusia modern, termasuk di Indonesia. Kanker merupakan penyebab kedua kematian di dunia setelah penyakit jantung koroner. Berdasarkan survey kesehatan rumah tangga (SKRT) tahun 2002 penyakit kanker merupakan penyebab kematian keenam di Indonesia. Setiap tahun terdapat 100 kasus penderita kanker baru per 100.000 penduduk di Indonesia. Penyakit kanker yang bnayak dialami penduduk Indonesia saat ini adalah kanker mulut rahim/serviks (17%), kanker payudara (11%), kanker kulit (7%), kanker nasofaring (5%), sisanya kanker hati, paru, dan leukemia. Penyembuhan penyakit tersebut juga tidak jarang mengharuskan pasien tinggal di rumah sakit dalam jangka waktu yang lama dan memerlukan banyak biaya, sehingga pasien sering dihadapkan pada ketidakmampuan dalam membiayai pengobatan penyakit ini.

Penyakit kanker dapat terjadi karena radikal bebas, gaya hidup yang tidak sehat, maupun faktor genetik. Upaya pencegahan pun telah mulai dikembangkan melalui berbagai penelitian. Miller et al (2003) mengungkapkan bahwa konsumsi buah dapat melawan perkembangan kanker paru-paru. Resiko kanker paru-paru berbanding terbalik dengan konsumsi buah-buahan dan efek ini semakin terlihat pada perokok. Senada dengan Miller, penelitian yang dilakukan oleh Block et al (1992) juga menyimpulkan bahwa pada sebagian besar kasus kanker, orang yang mengonsumsi lebih sedikit buah dan sayur memiliki resiko terserang kanker dua kali lipat dibanding mereka yang lebih banyak mengonsumsi buah.

Zat pencegah kanker terkandung pada beberapa, buah, sayur, dan rempah-rempah. Menurut struktur kimianya, zat-zat tersebut dikelompokkan dalam beberapa kelompok, antara lain polifenol, thiol, karotenoid dan retinoid, karbohidrat, logam berat, terpene, tokoferol, dan produk degradasi dari glukosinolat (Dragsted et al 2004). Mekanisme pencegahan kanker ini terjadi melalui perlindungan melawan inisiasi mutagen dan karsinogen aktif oleh polifenol, menghambat aktivasi enzim oleh flavonol dan tanin, induksi oksidasi dan konjugasi enzim oleh indol, isotiosianat, dan dithiothione, dan menangkal radikal bebas oleh karotenoid. Pada tingkat biokimiawi, mekanisme pencegahan kanker terjadi melalui efek antioksidan oleh karotenoid, penstabil membran oleh polifenol, penghambatan protease oleh zat-zat yang terkandung pada kedelai, stimulasi respon imun oleh karotenoid dan asam askorbat, serta menghambat ornithin dekarboksilase oleh polifenol dan karotenoid.

Penelitian yang dilakukan Smith-Warner et al (2001) menyimpulkan bahwa konsumsi buah dan sayur dapat mengurangi resiko terserang kanker payudara. Dibanding orang yang jarang mengonsumsi buah dan sayur, resiko terkena kanker payudara pada orang yang sering mengonsumsi sayur akan menurun 25% dan 6% pada orang yang sering mengonsumsi buah. Bahkan akhir-akhir ini diketahui bahwa mengonsumsi jus tomat secara rutin akan mampu membantu upaya penyembuhan kanker payudara dan kanker mulut rahim.

Penelitian mengenai alternatif penyembuhan kanker dengan memanfaatkan kearifan sumberdaya lokal sedang dilakukan oleh Miftahuddin dan Chikmawati (2009). Selaginella (paku rane) diduga memiliki kandungan bahan-bahan aktif yang berpotensi sebagai anti oksidan dan anti kanker. Anggota marga Selaginella kaya akan bahan aktif biflavonoid, suatu metabolit sekunder yang dihasilkan tumbuhan tertentu dalam bentuk dimer dari flavon dan flavonon dengan 5,7-4’-pola oksigenasi. Fungsi utamanya bagi tumbuhan adalah sebagai toksin untuk menangkal serangan jamur dan serangga. Tetapi akhir-akhir ini telah diketahui bahwa biflavonoid dapat digunakan sebagai obat hepatitis, kanker, dan antioksidan bagi manusia. Secara umum hasil identifikasi baha aktif dari ekstrak Selaginella telah memberikan gambaran bahwa Selaginella memiliki potensi yang cukup besar sebagai sumber bahan aktif (metabolit sekunder), terutama flavonoid yang berpotensi sebagai anti oksidan dan anti kanker.